Bu okulda matematik öğretmenliği yapan Yüzbaşı Mustafa Efendi, genç öğrencisinin yetenekleri ve zekâsı karşısında sınıftaki diğer Mustafa'larla aralarındaki farkı belirtmek üzere öğrencisinin adının sonuna "Kemal" ismini ilâve etti. Artık genç öğrenci Mustafa Kemal olmuştu.

Mustafa Kemal, Selânik Askerî Rüştiyesi'ni bitirdikten sonra 1896 yılında Manastır Askerî İdadisi'ne girdi. Burada Ömer Naci i1e arkadaşlık etti. İlerde ünlü bir hatip olarak tanınacak olan bu kişi, Mustafa Kemal'in hitabet ve edebiyat sevgisinde etkin rol oynadı. Yakın arkadaşlanndan biri olacak olan Ali Fethi (Okyar) de bu okulda öğrenci idi. Genç Mustafa Kemal, askerî öğreniminin yanısıra yabancı dil öğrenimini de ihmal etmiyor; yazları izinli olarak Selânik'e döndüğü zaman Fransızca dersleri alıyordu.

Genç Mustafa Kemal, Manastır Askerî İdadisi'ni de başarı ile bitirerek 13 Mart 1899 tarihinde İstanbul'da Harp Okulu'na girdi. 3 senelik başarılı bir Harbiye öğreniminden sonra 10 Şubat 1902'de bu okulu Teğmen rütbesiyle bitirdi ve öğrenimine Harp Akademisi'nde devam etti.1903 yılında Üsteğmen olmuştu.11 Ocak 1905 tarihinde de Kurmay Yüzbaşı rütbesiyle Harp Akademisi'nden mezun oldu. Harp Okulu'nda ve Harp Akademisi'nde de zekâsı, yetenekleri ve üstün kişiliği ile kendisini arkadaşlarına ve hocalarına tanıtmış, onların içten sevgi ve saygısını kazanmıştı. Askerlik derslerine büyük ilgisi yanında matematiğe, edebiyata ve güzel söz söylemeye karşı da merakı ve eğilimi vardı. Harbiye'de ve Harp Akademisi'nde, memleket ve millet davaları ile ilgilenmesi, düşüncelerini cesaretle ifadeden çekinmemesi sebebiyle aydın ve inkılâpçı bir subay olarak tanınmıştı. Devir istibdat idaresi idi ve bu davranışları aleyhine olabilirdi; ancak çevresince gerçekten çok sevilişi, düşüncelerinde samimi oluşu, onun herhangi bir tertibe kurban gitmesini önlemişti. Bununla beraber Harp Akademisi'nden mezuniyetini izleyen günlerde istibdat ve padişahlık rejimi aleyhindeki düşünceleri ve durumu, şüphe çekerek birkaç ay İstanbul'da tutuklu kaldı; sonra bir nevi sürgün olarak vazife ile 5 Şubat 1905 tarihinde Suriye bölgesine, Şam'a atandı.

Şam'da 5. Ordu'nun emrinde kaldığı üç yıl içinde Suriye'nin hemen her yerini görevle dolaşmış, memleket idaresindeki aksaklıkları, ordunun eğitim ve öğretimindeki eksiklikleri daha da yakından görmüştü. Mustafa Kemal, burada 1906 yılı Ekim ayı içinde güvendiği bazı arkadaşlarıyla gizli olarak "Vatan ve Hürriyet Cemiyeti"ni kurdu. Bu arkadaşlarıyla beraber Beyrut, Yafa ve Kudüs'te de kurdukları cemiyeti genişletti. Bir ara gizli olarak Mısır ve Yunanistan yoluyla Selânik'e geçerek burada da "Vatan ve Hürriyet Cemiyeti"nin bir şubesini açtı ve tekrar Şam'a döndü. Şam'dan uzaklaşışı hükûmetçe duyuldu ise de âmirleri kendisini koruduğundan bir ceza yoluna gidilmedi. Bir süre daha Şam'da kaldı. Bu sıralarda 20 Haziran 1907 tarihinde Kolağası (kıdemli yüzbaşı) oldu ve Şam'daki Ordunun Kurmay Başkanlığında bir göreve getirildi.

Mustafa Kemal 13 Ekim 1907'de merkezi Manastır'da bulunan 3. Ordu Karargâhına atandı. Bu Karargâhın Selânik'teki şubesinde çalışmak üzere Selânik e geldi. Bu sıralarda Selânik'teki "Vatan ve Hürriyet Cemiyeti" üyelerini de içine almış olan ittihat ve Terakki Cemiyeti" faaliyet halinde idi. Mustafa Kemal de Selânik'e gelişini takiben bu cemiyete dahil olarak hizmet görmeye başladı. Memleketin istibdat idaresinden kurtarılması, yapılacak yenilikler onun da baş düşüncesiydi. Selânik'e gelişini takiben kısa bir süre sonra 22 Hazıran 1908 de Üsküp-Selânik arasındaki demiryolu müfettişliği de 3. Ordu Karargâhındaki görevine ek olarak kendisine verildi.

Bu esnada Rumeli'de büyük faaliyet gösteren "İttihat ve Terakki Cemiyeti" Abdülhamit'i,1876 Anayasasını yeniden yürürlüğe koymaya ve kapatılan Meclis-i Mebusan'ı tekrar toplantıya çağırmaya zorlamaktadır. "Ittihat ve Terakki Cemiyeti nin bu girişimleri adım adım II. Meşrutiyetin ilânına uzandı.

23 Temmuz 1908 tarihinde İkinci Meşrutiyet ilân edildiği zaman Mustafa Kemal, Kolağası rütbesiyle Selânik'te askerî görevini sürdürmekte, bir yandan da "İttihat ve Terakki Cemiyeti" içinde çalışarak İstanbul'daki siyasi gelişmeleri yakından izlemektedir. O, II. Meşrutiyet gibi büyük bir inkılâbı takiben yapılanları kâfi görmüyor; bu fırsattan yararlanılarak memlekette daha büyük ve daha köklü değişikliklerin gerçekleştirilmesi gereğine inanıyordu. Fakat kendisinin görüşleri "İttihat ve Terakki Cemiyeti ileri gelenlerinin görüş ve düşüncelerine uymadı. Buna rağmen fikirleriyle zamanın söz sahibi kişilerini uyarmaktan da çekinmiyordu.

II. Meşrutiyet'in ilânı üzerinden henüz bir sene geçmemişti ki İstanbul'da 13 Nisan 1909'da bu harekete karşı, gerici çevrelerce desteklenen büyük bir isyan gelişti. Mustafa Kemal, 31 Mart Vak'ası olarak bilinen bu isyanı bastırmak üzere Rumeli de oluşturulan Hareket Ordusu'nun Kurmay Başkanlığına getirildi ve bu ordu ile 19 Nisan 1909 tarihinde İstanbul'a geldi. Hareket Ordusu'nun gerek yolda gerekse İstanbul'daki sevk ve idaresinde Kurmay Başkanı olarak önemli hizmetler gördü. Hareket Ordusu'nun İstânbul'a girdiği gün halka hitaben yayımlanan beyannameyi kendisi yazmıştı. Hareket Ordusu'nun duruma hakim oluşundan sonra Abdülhamit tahttan indirildi, yerine Sultan Reşat getirildi. Mustafa Kemal, bu gerici olayın bastırılmasından sonra İstanbul'da çok kalmayarak 16 Mayıs 1909'da tekrar Selânik'e döndü. Bu sıralarda Selânik ve çevresinde yapılan mânevralarda, tatbikatlarda düşünce ve görüşlerini cesaretle savunuyor; bu ise bazı üstlerinin dikkatini çekerken bazılarının da tahammülsüzlüğüne sebep oluyordu. Kendisi, bir yandan da askerî eğitim konuları üzerinde telif ve tercüme eserler hazırlıyordu.

O, II. Meşrutiyet'i takiben Ordu'nun "İttihat ve Terakki Cemiyeti" ile sıkı alâkasının ve siyasete karışmasının tehlikelerini sezinlemeye başlamış, bu görüşlerini 22 Eylül 1909'da Selânik'te toplanan "İttihat ve Terakki Bûyük Kongresi"nde açıkça dile getirmişti. Fâkat Cemiyetin önde gelenleri onun bu görüşlerini paylaşmadılar. Mustafa Kemal de kendisini Cemiyetten uzak tutarak doğrudan doğruya askeri vazifesine verdi. "İttihat ve Terakki Cemiyeti" ile anlaşmazlığı ve aralarının açılması böyle başladı.

Mustafa Kemal, Selânik'teki görevini başarı i1e yürütürken 1910 yılı Eylül ayında Pik2ırdi manevralarını izleme amacıyla Fransa'ya gönderildi. Burada Fransız Ordusunu ve komutanlarını yakından tanıdı. Selânik'e dönüşünden kısa süre sonra 1911 Mart'ında Arnavutluk'ta bir isyan çıktı. Bu isyanı bastırmak üzere düzenlenen harekâtta Harbiye Nazırı Mahmut Şevket Paşa'nın yanında görev aldı.

Mustafa Kemal, 15 Ocak 1911'de 3. Ordu Karargâhındaki görevinden alınarak evvelâ 5. Kolordu Karargâhında, daha sonra yine Selânik'te bulunan 38. Piyade Alayı'nda görevlendirildi. Bu atamadan amaç, kendisine kıta hizmeti gördürerek onu başarısızlığa sürüklemek; bu suretle şevk ve hevesini bir ölçüde kırmak idi. Ama O, bu görevde de büyük başarılar gösterdi; eskiden olduğu gibi yine kumandanlarının, arkadaşlarının sevgi ve saygısını kazandı. Selânik garnizonundaki subaylar gittikçe onun etrafında toplanıyorlardı. Bu durum 3. Ordu Müfettişliğinin hoşuna gitmedi. Onu Selânik'teki vazifesinden ayırarak 27 Eylül 1911 tarihinde İstanbul'da Genelkurmay Başkanlığında bir göreve tayin ettiler. Mustafa Kemal bu atama üzerine İstanbul'a gelerek bir süre Genelkurmay Başkanlığında çalıştı.