Üçüncü Mehmet padişah olduğu zaman Avusturya ile harb devam etmekteydi. Saltanatının ilk yılı zarfında Avusturya cephesinde Estergon, Eflâk tarafında da Yerköyü bozgunları olmuştu. Sultan Mehmet babası ve dedesinin Osmanlı padişahlarının sefere çıkma adetlerini terk etmiş olmalarına bakmayarak devlet erkânininda kuvvetle isteği üzerine ordunun başına gelerek sefere çıktı. Eğri seferi diye isimlendirilen bu sefer sırasında Eğri kalesi zapt edildikten başka ekim 1596 da Hocava meydan muharebesini kazanıldı. Üçüncü sefer bir daha seferlerini tekrarlamadı. Tiryaki Hasan Paşanın Kanije'de destanlar yaratan müdafaa harbi de onun Padişahlığı sırasında cereyan etti.

Avusturya harbi devam ederken Anadolu'da Karayazıcı isyanı çıkmıştı. Saltanatının son yılında da Iran harbi patlak verdi. Üçüncü Mehmet babası derecesinde kadınlara düşkün olmamakla beraber bilhassa annesi Safiye Sultanin tesirinden kurtulamadı. Halim selim tabiatli olusu mühim icraatlarda bulunmasına mâni oldu.

Coçukları : Mahmut, Ahmet (Padişah olmuştur), Cihangir, Mustafa (padişah olmuştur), Selim ve adi tespit edilemeyen iki kız evladı...